Unter den zahlreichen Auszeichnungen, die Preisner bislang erhalten hat, befinden sich u.a. der Silberne Bär der Berliner Filmfestspiele von 1977, zwei Césars der französischen ›Académie des artes et des techniques du cinéma‹ – einer 1996 für Elisa von Jean Becker, der andere 1995 für Drei Farben: Rot. Ferner wurde er in den drei aufeinanderfolgenden Jahren 1991, 1992 und 1993 mit dem Preis der ›Los Angeles Critics Association Awards‹ zum besten Filmmusik-Komponisten des Jahres gewählt. Preisner ist Mitglied der ›Académie des arts et des téchniques du cinéma‹ und wurde 1992 vom polnischen Außenministerium für seinen Beitrag zur Verbreitung der polnischen Kultur im Ausland gewürdigt.