Dieser erste Versuch brachte Stange-Elbe dazu, 1996 bis 1999 eine Habilitation über mit Hilfe von Rubato synthetisierte Interpretation(en) von Bachs Kunst der Fuge zu schreiben (Stange-Elbe [1999]). Schließlich wurde 2003 die Doktorarbeit von Fleischer veröffentlicht (Fleischer [2003]), die sich zum größten Teil mit (Rubato-gestützter) metrischer Analyse beschäftigt. Diese beiden umfangreichen Arbeiten sind die wichtigsten Meilensteine der Forschung mit Rubato.

Stange-Elbes Arbeit an der Kunst der Fuge dreht sich um die zentrale Frage, »ob sich mit ausschließlich analytischen Strukturen musikalisch sinnvolle Interpretationen gestalten lassen« (Stange-Elbe [1999], S. 2). Die Kunst der Fuge wird dabei lediglich als Versuchsobjekt herangezogen und bleibt von peripherem Interesse. Forschungsschwerpunkt ist eher »die Darstellung einer Analyse- und Interpretationsmethode« anhand dieses Werkes (Stange-Elbe [1999], S. 7). Da zu ihrem Entstehungszeitpunkt nur sehr wenig Dokumentation zu Rubato existierte, beinhaltet die Arbeit zahlreiche Informationen über das Programm, seine Menüs, die Funktionsweise der Rubetten und die verschiedenen Einstellungsparameter. Es wurde zwar »im Rahmen dieser wissenschaftlichen Arbeit von einer Programmbeschreibung im Sinne eines Handbuches verzichtet« (Stange-Elbe [1999], S. 9), aber die auf die ganze Habilitationsschrift verteilten Hinweise zu verschiedenen Aspekten von Rubato stellen für den Einsteiger eine wichtige Quelle an wertvollen, wenn nicht unverzichtbaren Informationen dar.

Anders als bei den meisten musikwissenschaftlichen Arbeiten ist Stange-Elbes Habilitationsschrift »in erster Linie eine klingende Habilitation, die Interpretationen bilden – neben der Berechnung ihrer Grundlage, den analytischen Gewichten – den Hauptanteil und das Ziel der Arbeit. Erst mit ihnen vervollständigen sich die Einsichten in die analytische Struktur« (Stange-Elbe [1999], S. 8). Diese ungewöhnliche, aber durchaus gerechtfertigte Zielsetzung, die einen bedeutenden Schwerpunkt einer wissenschaftlichen Arbeit auf klangliche Resultate legt, soll auch hier als Grundlage dienen.

Methodologisch gesehen unterscheidet sich diese Arbeit von Stange-Elbes Habilitationsschrift hauptsächlich durch zwei Punkte:

• Der Wahlakt der Gewichte (vgl. Stange-Elbe, S. 168) soll hier nicht mehr subjektiv sein, sondern durch den Vergleich mit anderen, durch traditionelle Musikanalysen erzeugten Resultaten einen großen Anteil an Objektivität erhalten.
• Es soll nicht versucht werden, einzelne Gewichte zu sonifizieren bzw. spezifische analytische Resultate ›musikalisch sinnvoll‹ zum Erklingen zu bringen. Vielmehr soll hier der Versuch unternommen werden, durch eine gezielte Auswahl von analytischen Resultaten sowie durch ihre Kombination eine rundum zufriedenstellende Interpretation der beiden Etüden zu synthetisieren.

Fleischer [2003] beschäftigt sich zum größten Teil mit metrischer Analyse. Die Autorin unterscheidet zwischen ›innerer‹ und ›äußerer‹ Metrik: Die erste bezieht sich